電子磁共振波譜儀現已在食品分析中起到了相當重要的應用。核磁共振波譜儀可以分析食品中水分含量、分布和存在狀態的差異及對食品品質、加工特性和穩定性的影響；是取代油脂質量控制實驗室中采用固體脂肪指數(SFI）分析方法可行的、有潛在用途的儀器分析方法，并且已經形成了標準；核磁共振波譜儀可用于研究食品玻璃態轉變；可解析碳水化合物的結構，包括糖殘基數目、組成單糖種類、端基構型、糖基連接方式和序列以及取代基團的連接位置；研究淀粉的顆粒結構、糊化凝沉的特性和動力學、分子遷移、變性淀粉取代度測定等。

　　電子磁共振波譜儀是能夠在原子分辨率下測定溶液中生物大分子三維結構的方法，在研究蛋白質和氨基酸的結構、動力學以及蛋白質相互作用等方面發揮著重要作用，利用核磁譜研究蛋白質，已經成為結構生物學領域的一項重要技術手段。依據不同食品的特定參考標準，在食品品質鑒定方面也得到有效應用，包括鑒別果蔬和谷物在生長過程中及采摘后的內部品質、成熟度、內部缺陷等，以及肉類、酒類、油脂類食品的原產地和品質優劣等。